Ai sensi della Legge 508/1999 l'ISIA di Firenze ha la facoltà di darsi ordinamenti autonomi nonché di avere organi eletti dai Professori e dagli Studenti. Da ciò deriva una libertà nella scelta dei docenti, nella creazione dei piani di studio e di ricerca e nello sviluppo delle iniziative con realtà industriali ed enti.

Sono organi ufficiali dell'ISIA:

• il Presidente
• il Direttore
• il Consiglio di amministrazione
• il Consiglio accademico
• il Collegio dei revisori
• il Nucleo di valutazione
• il Collegio dei professori
• la Consulta degli studenti

Gli organi, fatta eccezione per il Collegio dei professori, durano in carica tre anni e possono essere confermati consecutivamente una volta sola.